卫生部基层用药规范系统是在《基层用药规范》的基础上，结合基层实际的情况以及《国际疾病字典ICD-10》等通用的技术的要求开发完成的基层用药规范系统。它能为基层卫生管理职能机构提供规范管理，具有智能化、区域化的操作特点。

基层用药规范系统可根据症状判断疑似疾病名称，按病理整理出来不同的处理方案，然后将患者就诊及用药信息同步到健康档案中，以供查阅。

基层用药规范系统能根据确诊疾病名称引用规范用药处方，判断处方使用是否合格，对处方质量进行统计分析并进行考核。